A Mata Atlântica é a floresta mais diversificada do planeta, com mais de 25 mil espécies de plantas. Cerca de 92% da área da Mata Atlântica está devastada. O elevado índice de chuvas ao longo do ano permite a existência de uma vegetação rica, densa, com árvores que chegam a 30 metros de altura. Destaca-se o pau-brasil, o jequitibá, quaresmeiras, o jacarandá, o jambo e o jambolão, o xaxim e o palmito, a paineira, a figueira, a caviúna, o angico, a maçaranduba, o ipê-rosa, o jatobá, a imbaúna, o murici, a canela-amarela, aroeira, castanheira, sucupira, jacarandá-da-bahia, samambaiaçu-imperial, candeia, canela-preta, imbuia, braúna, angelim-rajado, mogno, cerejeira, guanandi e muitas outras. O sub-bosque, composto por árvores menores, abriga numerosas epífitas, gravatás, bromélias, orquídeas, musgos e liquens, samambaias, begônias e lírios de várias espécies.

Alguns dos principais exemplares da fauna da Mata Atlântica que estão ameaçados de extinção são: a onça-pintada, a jaguatirica, o mono-carvoeiro, o macaco-prego, os guaribas, o mico-leão-dourado, vários saguis, a preguiça-de-coleira, o caxinguelê, o tamanduá. Entre as aves destacam-se o jacu, o macuco, a jacutinga, o tiê-sangue, a araponga, o sanhaço, numerosos beija-flores, tucanos, saíras e gaturamos. Entre os principais répteis desse ecossistema estão o teiú, um lagarto de mais de 1,5m de comprimento, jibóias, jararacas e corais-verdadeiras. O que mais impressiona é a enorme quantidade de espécies endêmicas, aquelas que só ocorrem numa determinada região. É o caso de 55 espécies de mamíferos, 188 de aves, 60 de répteis, 90 de anfíbios e 133 de peixes.

Movimentos ecológicos lutam pela preservação da flora e fauna das áreas remanescentes. Pesquisa realizada pela Fundação SOS Mata Atlântica e pelo instituto Nacional de Pesquisas Espaciais revela que em cinco anos o Brasil perdeu 533 mil hectares de floresta atlântica com a derrubada de 1,07 bilhão de árvores. Esse número representa 6% do que havia em 1985.

Calcula-se também que, de 1990 a 1993, mais 316.888 hectares de florestas foram derrubados. As principais causas do desmatamento são a proliferação de pastagens, o plantio de eucaliptos e a implantação de monoculturas comerciais, como a da soja e a da cana.

Os manguezais são mais um dos ecossistemas agregados à Mata Atlântica que constitui a base da cadeia alimentar dos oceanos; Com uma vegetação peculiar, as áreas de mangues ocupam o trecho intermediário entre o mar e a serra.

O lodo e as raízes das árvores abrigam microorganismos, moluscos e pequenos invertebrados, fonte de matéria orgânica e alimento para os peixes. A fauna é muito rica, sobretudo em crustáceos (caranguejos, siris e camarões), moluscos e outros invertebrados, além de algas e plâncton. As aves são numerosas: garças, maguaris, socós, colhereiros, flamingos, maçaricos, marrecas, irerês, biguás, saracuras, batuíras, anus, urubus e gaviões. Entre os répteis destacam-se o jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris). Dos mamíferos que freqüentam o manguezal, o mais característico é o guaxinim, que aparece ao anoitecer para caçar caranguejos. Uma em cada três espécies de anfíbios estão ameaçadas de extinção.

Foram destruídos mais de 1 milhão de metros quadrados de mangues - 40% da vegetação nativa em cinqüenta anos.

No Espírito Santo o mangue mais preservado está localizado no município de Anchieta.

No Brasil, as maiores ocorrências de manguezais encontram-se no litoral norte, entre o Maranhão e o Amapá ou ainda em Santa Catarina.

Maior abrigo
A Estação Ecológica de Vera Cruz, no sul do estado da Bahia, abriga 24,5% das 98 espécies de vertebrados da Mata Atlântica ameaçados de extinção, segundo estudo realizado pelo Instituto Iguaçu de Preservação Ambiental.

Variedade de espécies
Em apenas 1 hectare (10.000m2) da Estação Biológica de Santa Lúcia, no município de Santa Teresa (ES), foram identificadas 476 espécies de árvores. Esse é o maior índice registrado, superando o de outras áreas da Mata Atlântica (458 espécies/ha no sul da Bahia) e da Amazônia (473 espécies/ha em Cuyabeno, no Equador). A média de espécies por hectare nas florestas temperadas fica entre 2 e 20 tipos de árvores.

Riqueza
A Mata Atlântica é uma das 17 áreas críticas apontadas pelo Hotpots, pois sua cobertura original foi reduzida a aproximadamente metade do que era. Ainda assim, essa floresta abriga 54% das árvores, 80% dos primatas e mais da metade dos mamíferos que existem no Brasil.

Muitas espécies
A Mata Atlântica tem 25 mil espécies de plantas (quase metade é exclusiva do Brasil), 131 espécies de mamíferos (50 exclusivas), 620 de aves e 260 de anfíbios.

Domínio Mata Atlântica
Bioma brasileiro situado principalmente nas cadeias montanhosas próximas ao mar, mas também é encontrada em trechos no interior. Sua área original estendia-se do Rio Grande do Sul ao Rio Grande do Norte. Este ecossistema vem perdendo áreas para a ocupação humana desde 1500. As maiores áreas preservadas estão na Serra do Mar e na Serra da Mantiqueira (SP, RJ, MG, ES), principalmente devido a seu relevo acidentado de difícil ocupação humana. É enquadrada entre as "florestas tropicais" junto a outras formações do mesmo gênero. Mais de 50% de suas árvores são endêmicas (que só ocorrem neste local), o que a transforma na florestas de maior diversidade do globo, com diversidade maior que a Amazônia. Esta diversidade se deve a variedade de ambientes, (que serão mostrados a seguir), ao relevo, que possibilita as chuvas orográficas (a região possuem alta precipitação com valores de 2000 a 3000mm/ano, e conseqüentemente a umidade relativa do ar é extremamente alta de 65 a 100%), ao solo que é rico e a ciclagem de nutrientes extremamente rápida.

Área litorânea
A área da praia é a qual não existe vegetação, dada a permanente mobilidade do substrato. Posterior a praia ocorre a área de duna, sua formação está diretamente ligada ao movimento da maré, ao fato dos ventos sempre soprarem na direção mar-terra. Esta região apresenta condições desfavoráveis tais como alta salinidade, falta de matéria orgânica, grande mobilidade do substrato, rapidez de drenagem de água pluviais e o superaquecimento das camadas superficiais. Desta forma sua parte mais próxima ao mar, não apresentam grande variedade de espécies de plantas, aparecendo apenas aquelas que possuem adaptações ao local. Estas são chamadas de plantas pioneiras. As pioneiras possibilitam o aparecimento de plantas mais exigentes culminando com o aparecimento da restinga. A restinga é a região subseqüente a de dunas. Seu relevo é plano, rios lentos e tortuosos. As espécies de plantas apresentam um gradativo crescimento de seu porte, sendo mais próximo a praia espécies mais baixas, e conforme caminha-se para o interior as espécies vão adquirindo um porte maior. A restinga era chamada pelos índios de mata ruim, pois suas plantas são extremamente juntas e com espinhos, o que a torna uma barreira de difícil transposição. Posterior à restinga existe a mata de encosta, em uma região onde a influência do mar não é tão grande em termos de salinidade, mas é extremamente úmida. Nestes locais o porte das árvores já é bem maior, existindo espécies exigentes. Esta mata não é muito diferente que a mata de topo de morro, que é encontrada depois da mata de encosta. Por vezes quando a montanha é muito alta e o solo em seu topo muito raso, ocorre a formação de Campos Rupestres. Campos rupestres são formações características, forrado geralmente por gramíneas, com poucos e espaçados arbustos. Sofre uma grande influência do clima (frio), dos ventos que são em geral extremamente fortes, e da erosão que leva o solo para as regiões mais baixas, deixando uma pequena fração de terra sobre a rocha mãe. É comum encontrar-se nas regiões onde o mar se debate com as rochas as áreas que são chamadas de costões rochosos. Estes costões representam uma importante e interessante fração do estágio sucessional. Na região permanentemente coberta pela água encontram-se algumas algas que necessitam de água o tempo todo, e também algumas cracas. Na região subsequente que se encontra coberta na maré cheia e descoberta na maré baixa (região inter-marés) encontram-se algas que já não são mais tão dependentes da água quanto na faixa anterior, mas que ainda dependem da água. Posteriormente encontra-se a região que só recebe respingos, e por final encontra-se a região que não recebe água alguma do mar. Pode-se notar uma gradativa independência da água conforme vai se adentrando ao continente, estes estágios sucessionais, são extremamente interessantes de serem observados. O manguezal é um tipo singular de vegetação litorânea, banhada por uma mistura da água salgada do mar, com a água dos rios, a qual transporta sedimentos e elementos em suspenção. O solo é lodoso, e quase sempre encharcado (variando com a maré), sua salinidade é alta, e é pouco arejado; o que impossibilita a existência de uma rica flora. Devido a grande quantidade de matéria orgânica em decomposição o mangue apresenta odor de enxofre característico. Mas esta grande quantidade de matéria orgânica e por ser uma região abrigada de embate das ondas, o mangue é escolhido por muitas espécies de crustáceos e de outros organismos como local de desova. As características do mangue fez com que surgissem adaptações na flora para conseguirem sobreviver; por exemplo existem raízes escora, raízes aéreas (pneumatóforos), espécies que produzem frutos que não se desprendem dos galhos, possibilitando que suas sementes germinem na porção aérea, emitindo raízes longas e verticais que possibilitam a rápida fixação, ao cair ao solo.